Eesti hagijat hakati aretama 1947. aastal kui NSV Liidu Rahvamajanduse ministeerium otsustas, et igal liiduvabariigil peab olema oma tõug. Sel ajal oli Eestis 800 - 900 isendit, kes põhiliselt olid kohaliku hagija ja beagli ning šveitsi hagija ristandid.

1954. aastal viibis Eestis spetsiaalne komisjon, kes vaatas üle 648 koera kohta esitatud materjalid ja uue hagijatõu standardi kirjelduse, hindas koeri ülevaatusel ja jahikatsetel. Selle tulemusena 27. detsembril 1954.a. kinnitas NSVL Põllumajanduse Ministeeriumi Looduskaitsealade ja Jahimajanduse Peavalitsus käskkirjaga nr. 161 uue tõu - "eesti hagijas".

Eesti hagija esivanemate seas on vene-poola hagijaid ja foxhaounde, taksikoeri, beagleid, šveitsi, lutserni ja berni hagijaid.

Eesti Kennelliit kinnitas esmakordselt eesti hagija tõusatndardi 4. juunil 1998.a. juhatuse otsusega nr. 8 p. 4, ning alustati tööd tõu tunnustamiseks FCI poolt. Praegu kehtiv originaalstandard kinnitati EKL poolt 08.11.2007.